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의학논문 작성을 위한 R통계와 그래프 ggRadar.R

cardiomoon 2016.05.20 17:01 Views : 4090

require(reshape2)
require(plyr)
require(ggplot2)
require(scales)

coord_radar <- function (theta = "x", start = 0, direction = 1) 
{
        theta <- match.arg(theta, c("x", "y"))
        r <- if (theta == "x") 
                "y"
        else "x"
        ggproto("CoordRadar", CoordPolar, theta = theta, r = r, start = start, 
                direction = sign(direction),
                is_linear = function(coord) TRUE)
}

rescale_df=function(data,groupvar=NULL){
        if(is.null(groupvar)) df=data
        else df=data[,-which(names(data) %in% groupvar)]
        
        select=sapply(df,is.numeric)
        df[select]=lapply(df[select], scales::rescale)
        if(!is.null(groupvar)) {
                df=cbind(df,data[[groupvar]])
                colnames(df)[length(df)]=groupvar
        }        
        df
}


ggRadar=function(data=iris,
                 xvars=NULL,
                 yvar=NULL,autorescale=FALSE,
                 groupvar=NULL,legend.position="bottom",
                 radar=TRUE,polar=FALSE,
                 mean=TRUE,nrow=FALSE,
                 colour="red"){
        if(is.null(xvars)) {
                select=sapply(data,is.numeric)
                xvars=colnames(data)[select]
        }
        if(is.null(yvar)){
                # if(!is.null(groupvar)) {
                #         for(i in 1:length(groupvar)) data[[groupvar[i]]]=factor(data[[groupvar[i]]])
                # }
                # data
                if(autorescale) data=rescale_df(data,groupvar)
                longdf=melt(data,id.vars=groupvar,measure.vars=xvars)
                longdf
                if(mean)
                  df=ddply(longdf,c(groupvar,"variable"),summarize,mean(value,na.rm=TRUE))
                if(nrow) 
                        df=ddply(longdf,c(groupvar,"variable"),"nrow") 
              
                colnames(df)[length(df)]="value"
                #print(df)
        } else{
                longdf=data
        }
        
        if(is.null(groupvar)){
                p<-ggplot(data=df,aes_string(x="variable",y="value",group=1))+
                        geom_point(size=3,colour=colour)+
                        geom_polygon(colour=colour,fill=colour,alpha=0.4)
                        
        } else {
                df=df[!(df$variable %in% groupvar),]
                for(i in 1:length(groupvar)) df[[groupvar[i]]]=factor(df[[groupvar[i]]])
                p<-ggplot(data=df,aes_string(x="variable",y="value",
                                          colour=groupvar,fill=groupvar,group=groupvar))+
                        geom_point(size=3)+
                        geom_polygon(alpha=0.4)
        }        
        p<- p+ xlab("")+ylab("")+theme(legend.position=legend.position)
        
        if(radar==TRUE) p<-p+coord_radar()
        if(polar==TRUE) p<-p+coord_polar()    
        p    
}
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