처음 여기 가입한게 제목 그대로 유전자 발현에 따른 암 예후 진단을 위한 작은 분석툴을 웹에서 만들고 싶어서였습니다.
오늘 또 다른 교수님께서 유전자 한개씩은 할 수 있는데 gene signature로 분석해 줄 수 있냐고 연락을 주셨습니다.
요새 계속 하는 일이 그건데...
주신 자료로 검색을 하다가 제가 만들고 싶은 툴을 발견했습니다.
http://watson.compbio.iupui.edu/chirayu/proggene/database/index.php
인디애나퍼듀대학 암연구소에서 이미 제작을 했네요.
개인 파일도 세 개까지 업로드해서 분석을 할 수 있길래 지난달에 분석했던 자료로 테스트를 해 보았습니다.
unix end of line이 뭔지 몰라 파일이 안 돌아가서 한참 걸렸습니다.
영어로 씌어 있다보니 전혀 들어본 적이 없는건 자꾸 놓쳐서 그런 것 같습니다.
메뉴얼을 꼼꼼히 읽으라는 아들 잔소리가 오늘도 떠오릅니다.
제가 처음에 만들려고 했던걸 안 만들어도 될 것 같네요.^^;;
대신 다른 걸 할 수 있는 시간은 많아진 것 같습니다.
Comment 6
-
cardiomoon
2017.02.08 13:47
-
장미공원
2017.02.09 01:42
교수님께서는 진료, 수술하시면서도 하루에 그만큼씩 하는데
저는 고작 하루 두어시간밖에 투자를 안 하고 있으니 앞으로 더 분발해야겠습니다.^^;;;
저는 지금 조지아주립의대 기초연구실에서 데이터 분석을 하는 조교로 있습니다.
온라인으로 혼자서 공부하는 강의에서 돌려보는 샘플 데이터로는 생각의 확장이 잘 되지 않는데
교수님들께서 일을 주시면 실제 데이터를 다루는 과정에서 그 일 말고도 무엇을 해야할지 구체적으로 계획이 생기는 것 같습니다.
각 연구실마다 분야나 방식이 너무 다르고 저는 최근에 이 일을 배우고 시작했기 때문에
해야하는 일은 비교적 간단한 것들이지만 그런 것들이 발판이 되어서 만들고 싶은 것이 생기는 것 같습니다.
그래서 raw-data를 다룰 일이 많았으면 좋겠는데 그리 일이 많지는 않습니다.ㅠㅠ
남편의 주요 연구분야가 ran-seq, methylation 쪽인데 연구소 로컬 서버에 Genepattern을 설치해서 분석을 해왔습니다.
저는 Genepattern 업그레이드하는 것을 겨우 배우고 파이프라인 만드는거 배우기 시작했는데
남편이 한국으로 최근에 이직하면서 서버 작동이 중단되면서 저 혼자서 R과 씨름하고 있는 중입니다.
교수님께서 구상하고 계시는 것들이 저도 무척 궁금합니다.
저같은 초보도 도움이 될 수 있다면 그 과정에서 교수님께 많은 걸 배울 수 있지 않을까 싶네요.^^
-
cardiomoon
2017.02.09 07:59
남편 분은 어디 계신지... 그럼 남편분과 지구 반대편에 계시네요...ㅠ.ㅜ
최근 일을 구상하고 있는 것이 있는데 아직 구상만 하고 있기 때문에...
한두달후 구체적인 윤곽이 나오면 말쓴드리겠습니다.^^
-
장미공원
2017.02.10 05:23
남편은 암 데이터 분석하다가 지금은 해양생물자원관이라는 곳에 가서 해양생물 시퀀싱과 메타지놈 프로젝트를 하고 있어요.
일년 부부에 애도 대학교 가는 바람에 온 가족이 뿔뿔이 흩어져서...
갑자기 이렇게 되버려서 다시 만날때까지 각자 열심히 살자 이러구 있습니다.^^;;;
오늘은 교수님께서 말씀하신 R통계2.1을 조금 써봤는데 코드 입력까지 다 가능하네요.
어디 가서 엑셀, R 없어도 여기에 데이터 파일 올려놓고 왠만한건 다 할 수 있을 것 같습니다.
30M가 업로드 한계라니 제가 가진 데이터 중에 얼마만한 양의 데이터가 csv로 30M가 되는지 한번 해봐야겠네요.
-
cardiomoon
2017.02.10 09:17
앗 조교시라길래 20대 후반으로 예상했었는데 아이가 대학교 가셨어요? ㅎㅎ
기회가 닿으면 남편 분과 만날 기회가 있으면 좋겠네요.
장미공원님 아직 RStudio server 아이디 신청 안하셨던가요? 웹R에서 RStudio server를 운영하고 있습니다. 아이디 신청하시면 계정 만들어드립니다.^^
사실 deep learning을 위해 대용량 storage 서버와 GPU machine도 준비 중인데 조금 시간 걸릴 것 같습니다.
그 전까지는 큰 데이타 분석이 필요하시면 용량과 상관없이 서버에 올려드릴 수 있습니다.^^
-
장미공원
2017.02.11 12:35
어리게 봐주셔서 감사합니다.^^
늦었지만 연구실에 나갈 수 있는 기회가 생겨 연구랑 공부하는 거 좋아해서 잠시 일을 하고 있습니다.
제가 일하는 연구소에는 저랑 비슷한 연령대의 부인들이 실험조교로 많이 있습니다.
저 혼자 유일하게 데이터 분석을 하고 다른 분들은 세포 키우고, PCR을 주로 합니다.
애들이 대부분 친구고 작년, 올해 대학에 간 경우가 많아서
휴게실에 모이면 엄마들이 기숙사에 있는 애들 얘기를 주로 하곤합니다.
저도 남편이 교수님같이 훌륭하신 분을 꼭 한번 뵐 수 있었으면 좋겠습니다.^^
deep learning을 계획하고 계시군요. 안그래도 저도 관심이 있어 머신러닝 배우고 있는 중인데 서버 준비시라니 기대가 됩니다.
온라인 강의 들은지 5주째 넘어가면서 어려워져서 살짝 헤이해 졌는데 다시 동기를 가질 수 있게 된 것 같네요.ㅎㅎㅎ
다음주에 rna 데이터를 분석해야할게 있는데 워크스테이션에 돌려보고
web-r에서도 한번 돌려서 비교해보고 싶은데 준비가 되면 말씀드려서 한번 해 보겠습니다.
No. | Subject | Author | Date |
---|---|---|---|
294 | 교수님께.. 자꾸 오류가 나서 문의드립니다. [2] | 돌님 | 2017.03.17 |
293 | Rstudio server expire 관련 문의 [2] | 화모기 | 2017.03.13 |
292 | ggAncova vs ggeffect 차이를 알려주세요 [3] | 권혜미 | 2017.03.10 |
291 | 구조방정식 결과 자문 [5] | 공장 | 2017.03.06 |
290 | Logistic regression [3] | namuhanayeyo | 2017.03.02 |
289 | 논문 인용에 대한 질문 [2] | Asclepius | 2017.02.22 |
288 | 데이타 merge 방법 [5] | nipponica | 2017.02.18 |
287 | 해외에서 사용중 접속이 잘 안되서 문의드립니다. [2] | Rooney | 2017.02.15 |
286 | 변수 코드화에 대해 여쭤봅니다 ^^ [2] | 정형슬관절통계 | 2017.02.15 |
285 | 2월 11일 워크숍 후기 [6] | Asclepius | 2017.02.13 |
284 | 자료 업로드할 때 뜨는 에러메시지 [1] | 배깡 | 2017.02.11 |
283 | R통계와 그래프공부하다가 궁금점 [3] | KCRS_LeeJM | 2017.02.09 |
282 | 통계배우는 학생입니다. [1] | ruud | 2017.02.08 |
» | 유전자 발현에 따른 암 예후 진단 툴 [6] | 장미공원 | 2017.02.08 |
280 | web-r의 ggplot2를 사용해 보고 [2] | 장미공원 | 2017.02.07 |
279 | word cloud : pubmed error에 관하여 문의 드립니다. [3] | rhrroddl1 | 2017.02.06 |
278 | 질문드립니다. [1] | Dr.Han | 2017.02.05 |
277 | R notebook 에서 mytable 결과가 이상하게 나옵니다. [4] | Dilemma | 2017.02.05 |
276 | ANCOCA 질문드립니다. [1] | BlcAng | 2017.02.04 |
275 | Trend test [1] | namuhanayeyo | 2017.02.04 |
네 잘 되었네요. 지금 미국에 계신가봐요? 저는 보통 하루 평균 4-5시간을 웹R에 투자하고 있습니다. 저도 뭔가를 하고 싶은 것이 많은데... 같이 하실 수 있는 것이 있으면 같이 해보시죠.^^