PSM, full matching으로 시행하였습니다.
그리고 웹 base R 상에서 반응변수를 설정하고 종류를 survival로 놓고 time을 입력하여 cox proportional hazard model을 이용하여 hazard ratio를 구할 수 있었습니다.
그런데 forest plot은 제시되지 않더군요.
혹시 이러한 PSM full matching 후 가중치를 고려하여 생존 분석을 하고 이에 대한 그래프를 그릴 수 있을까요? 아무리 찾아봐도 답을 얻을 수 없어 여쭈어 봅니다.
nearest matching을 하면 간단하겠지만 N수가 적어서 적합한 PSM 이 잘 안되는 관계로 full matching을 하려고 합니다.
Comment 4
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cardiomoon
2023.01.10 09:45
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주니
2023.01.11 12:23
답변 감사드립니다.
그런데 앞에서 어느분이 질문하신것처럼 webrPSM 패키지가 설치가 안되네요. Zelig 패키지를 설치한 후 다시 해도 잘 안되는 것 같습니다.
제 경우는
> install.packages("webrPSM") WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding: https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/ ‘C:/Users/정원준PC/AppData/Local/R/win-library/4.2’의 위치에 패키지(들)을 설치합니다. (왜냐하면 ‘lib’가 지정되지 않았기 때문입니다) Warning in install.packages : package ‘webrPSM’ is not available for this version of R A version of this package for your version of R might be available elsewhere, see the ideas at https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages이런 에러 메시지가 나오는데 어떻게 하면 좋을까요?
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cardiomoon
2023.01.11 14:31
webrPSM 패키지는 CRAN에 등록하지 않았습니다. github에서 설치하셔야 합니다.
먼저 devtools 패키지를 설치하신후 설치하셔야 합니다. 다음 명령어를 사용하세요
install.packages("devtools")
devtools::install_github("cardiomoon/webrPSM")
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주니
2023.01.30 12:45
친절한 답변 감사드립니다. 제가 문외한이라 그런지 모르겠으나 말씀해주신대로 시행하였음에도
> devtools::install_github("cardiomoon/webrPSM") Downloading GitHub repo cardiomoon/webrPSM@HEAD Skipping 1 packages not available: Zelig ── R CMD build ────────────────────────────────────────────────────────── ✔ checking for file 'C:\Users\Jeong won joon\AppData\Local\Temp\RtmpuIEBRR\remotes6640323c5670\cardiomoon-webrPSM-440cf3f/DESCRIPTION' ─ preparing 'webrPSM': ✔ checking DESCRIPTION meta-information ... ─ checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts ─ checking for empty or unneeded directories ─ building 'webrPSM_0.2.0.tar.gz' ‘C:/Users/Jeong won joon/AppData/Local/R/win-library/4.2’의 위치에 패키지(들)을 설치합니다. (왜냐하면 ‘lib’가 지정되지 않았기 때문입니다) * installing *source* package 'webrPSM' ... ** using staged installation ** R ** data *** moving datasets to lazyload DB ** byte-compile and prepare package for lazy loading Error: object 'get_qi' is not exported by 'namespace:Zelig' Execution halted ERROR: lazy loading failed for package 'webrPSM' * removing 'C:/Users/Jeong won joon/AppData/Local/R/win-library/4.2/webrPSM' Warning message: In i.p(...) : 패키지 ‘C:/Users/JEONGW~1/AppData/Local/Temp/RtmpuIEBRR/file66403aa21c9c/webrPSM_0.2.0.tar.gz’의 설치가 0이 아닌 종료상태를 가졌습니다이와 같은 메시지가 나오며 설치가 진행되지 않습니다. 혹시 다른 방법이 있는지 부탁드립니다.
항상 감사드립니다.
zelig는 설치하였습니다.
안녕하세요? 답변이 늦어 죄송합니다.
full matching후 K-M curve는 survfit 함수를 이용해 그리면 됩니다. 다음 예를 참조하셔요
library(webrPSM) #For exData
library(MatchIt)
library("survival")
mF <- matchit(A ~ X1 + X2 + X3 + X4 + X5 +
X6 + X7 + X8 + X9, data = exData,
method = "full", estimand = "ATT")
md=match.data(mF)
#Cox Regression for marginal HR
coxph(Surv(Y_S) ~ A, data = md, robust = TRUE,
weights = weights, cluster = subclass)
## K-M curve
fit=survfit(Surv(Y_S) ~ A, data = md)
plot(fit)
fit2=survfit(Surv(Y_S) ~ A, data = md,weights=weights)
plot(fit2)
library(autoReg)
adjustedPlot(fit,xnames="A")
adjustedPlot(fit2,xnames="A")
adjustedPlot(fit2,xnames="A",se=TRUE)